логика в том что модули из modules стартуют всегда, а из optional только если указать отдельной строкой загрузчика или руками. То есть вы модуль кладёте либо в modules, либо в optional. И там и там будет обновляться. А как часто модуль из optional будет работать - зависит от вас. У вас может быть один набор для работы, другой - для дома, третий - для игр и .т.д