Мыслите верно, только не магос-дата на второй раздел, а магос. Магос-дата может быть на любом из двух.
Папка магос тоже может быть на нтфс разделе, но там нет ничего что было бы полезно видеть под win. И загрузка с нтфс будет медленне чем с любой другой фс включая фат из-за особенностей реализации драйвера нтфс в линукс.
Вариантов много. Можно вообще все на один раздел поставить. Кстати говоря, папка MagOS-Data вообще не обязательная.